Луиджи Рикарди 1 , Роза Мацзео 2,*©, Анджело Раffaele Marcotrigiano 1 , Guglielmo Rainaldi 3 , Паоло Иовьено 4 , Vito Zonno 1 , Стефано Паван 1© жана Концетта Лотти 2,*
- 1 Топурак, өсүмдүктөр жана тамак-аш илимдери бөлүмү, Бари университетинин өсүмдүктөрдүн генетикасы жана селекциялык бөлүмү, Via Amendola 165/A, 70125 Бари, Италия; luigi.ricciardi@uniba.it (LR);angelo.marcotrigiano@uniba.it (ARM); vito.zonno@uniba.it (VZ); stefano.pavan@uniba.it (SP)
- 2 Айыл чарба, тамак-аш жана айлана-чөйрө илимдери бөлүмү, Foggia университети, Via Napoli 25, 71122 Foggia, Италия
- 3 Биология, биотехнологиялар жана биофармацевтика бөлүмү, Бари университети, Виа Орабона 4, 70125 Бари, Италия; guglielmo.rainaldi@uniba.it
- 4 ENEA Trisaia изилдөө борбору, SS 106 Ionica, km 419+500, 75026 Rotondella (MT), Италия, энергетикалык технологиялар департаменти, биоэнергетика, биорефиназия жана жашыл химия бөлүмү; paolo.iovieno@enea.it
* Correspondence: rosa.mazzeo@unifg.it (RM); concetta.lotti@unifg.it (CL)
Кыскача мазмуну:
пияз (Allium cepa L.) дүйнө жүзү боюнча экинчи маанилүү жашылча өсүмдүктөрү болуп саналат жана анын ден соолукка тийгизген пайдасы үчүн кеңири бааланат. Маанилүү экономикалык маанисине жана функционалдык тамак-аш катары баалуулугуна карабастан, пияз анын генетикалык ар түрдүүлүгү боюнча начар изилденген. Бул жерде биз Бари провинциясындагы (Апулия, Италиянын түштүгүндөгү) чакан шаарчада бир кылымдык өстүрүү тарыхына ээ болгон “Аквавива кызыл пиязынын” (ARO) генетикалык өзгөрүшүн изилдедик. 11 микроспутник маркерлеринин топтому 13 ARO популяциясынан жана үч жалпы коммерциялык типтен турган гермплазма коллекциясындагы генетикалык вариацияны изилдөө үчүн колдонулган. Параметрдик жана параметрдик эмес методдор менен генетикалык структураны талдоо ARO так аныкталган генофондду көрсөтөөрүн, ал көп учурда жаңылышкан Tropea жана Montoro ландрастарынан так айырмаланганын көрсөттү. Адатта жаңы керектөө үчүн колдонулуучу лампалардын сыпаттамасын берүү үчүн, жогоруда аталган эки жердин расасына карата AROдо жогорку таттуулугун көрсөткөн эрүүчү катуу курамы жана ачуулугу бааланган. Жалпысынан алганда, бул изилдөө коммерциялык алдамчылыктарды чектөөгө жана чакан чарбалардын кирешелерин жакшыртууга салым кошо турган сапаттык энбелгилер аркылуу алдыга жылдырылышы мүмкүн болгон AROну келечекте баалоо үчүн пайдалуу.
тааныштыруу
Allium тукумуна 750дөй түр кирет [1], алардын ичинен пияз (Allium cepa L., 2n = 2x =16) кеңири таралган түрлөрүнүн бири. A. cepa эки жылдык циклге жана репродуктивдүү жүрүм-турумга ээ. Бүгүнкү күндө пияздын дүйнөлүк өндүрүшү (97.9 миллион тонна) аны помидордон кийинки экинчи орунда турат [2]. Байыркы доорлордон бери пияздын пияздары тамак-аш катары жана элдик дары катары колдонулуп келген. Чынында эле, байыркы египеттиктер биздин заманга чейинки 1550-жылдагы медициналык папируста, Эберс кодексинде [3] сарымсак менен пиязды колдонууга негизделген бир нече дарылоо формулаларын билдиришкен.
Бул ар тараптуу жана ден-соолукка пайдалуу жашылча чийки, жаңы же кайра иштетилген продукту катары колдонулат жана көптөгөн тамактардын даамын жакшыртуу үчүн колдонулат. Бир нече акыркы изилдөөлөр пиязды колдонуу жүрөк-кан тамыр оорулары [4,5], семирүү [6], кант диабети [7] жана рактын ар кандай түрлөрү [8-10] рискин азайтат деп ырасташат. Пияздын ден соолук касиеттери көбүнчө эки класстагы азыктык кошулмалардын жогорку деңгээли менен түшүндүрүлөт: флавоноиддер жана алк(эн)ил цистеин сульфоксиддери (ACSOs). Биринчи класска флавонолдор жана антоцианиндер кирет. Кверцетин - негизги аныкталуучу флавонол, анын күчтүү антиоксидант жана сезгенүүгө каршы касиеттери менен белгилүү, эркин радикалдарды тазалоо жана өткөөл металл иондорун байланыштыруу. [11]; ал эми антоцианиндер кээ бир пияз сортторуна кызыл/кызгылт түс берет. ACSOларга келсек, эң көп изоаллиин [(+)-транс-S-1-пропенил-L-цистеин сульфоксиди] [12], пияздын ачуу жыты жана даамы үчүн кыйыр түрдө жооптуу болгон клеткаларда сакталган учуучу жана протеиногендик эмес күкүрт аминокислота. [13]. Кыртыштын бузулушунан кийин изоаллиин аллииназа ферменти тарабынан бөлүнүп, бир катар учуучу кошулмаларды (пируват, аммиак, тиосульфонаттар жана пропанетиалдык S-оксиди) пайда кылат, алар жыртылат жана жагымсыз жыт (ачуу) пайда кылат. [14]. Пияздын ачуулугу көбүнчө жаңы салмактын бир граммына гидролизден пайда болгон пирожүздүү кислотанын өлчөмү менен өлчөнөт. [15,16].
Жер Ортолук деңизинин бассейнинин өлкөлөрүндө ар түрдүүлүктүн экинчи борборлорунун бири катары сунушталган. A. cepa [17,18], пияздын лампалары формасы, өлчөмү, түсү, кургак заты жана ачуулугу боюнча кеңири өзгөрмөлүүлүгүн көрсөтөт [19-22]. Мындан тышкары, күкүрткө негизделген жер семирткичтер, агротехникалык ыкмалар, топурактын түрү, климаттык шарттар, сорттордун же жер тектеринин генотиптери өзгөчө органолептикалык жана азыктык баалуулуктарды берүү аркылуу пияздын сапатына таасир этиши мүмкүн. [23-27]. Италияда пияздын микробдорунун кеңири болушуна карабастан, пияздын бир нече сорттору көбүнчө илимий изилдөөлөргө дуушар болушат жана туура мүнөздөлөт. [28,29].
Агробиологиялык ар түрдүүлүктүн кылдат генетикалык жана фенотиптик мүнөздөмөлөрү өсүмдүктөрдүн генетикалык ресурстарын тийиштүү түрдө сактоону камсыз кылуу жана кошумча нарк чынжырында спецификалык генотиптерди колдонууга көмөк көрсөтүү үчүн өтө маанилүү болуп саналат. [30-32]. Жөнөкөй ырааттуу кайталоо (SSR) маркерлер картага түшүрүү үчүн көп тандалып алынган [33-35], ДНК манжа изин жана сорт басмырлоо [36-38], жана кургактыктын ичиндеги жана арасындагы генетикалык өзгөргүчтүктү ишенимдүү баалоо [39-42], анткени алар локуска спецификалык, көп аллельдүү, кодоминантты тукум кууган, кайталанууга жөндөмдүү жана автоматташтырылган генотиптөө үчүн ылайыктуу.
Бул изилдөөдө биз көңүлүбүздү Бари провинциясындагы Аквавива делле Фонти шаарынын чакан аймагында органикалык айыл чарба ыкмалары менен өстүрүлгөн Апулиянын салттуу жер тукумуна бурдук. (Апулия, Түштүк Италия). Бул жер тилкесинин лампалары чоң, жалпак жана кызыл түстүү жана жергиликтүү рецепттерде көбүнчө колдонулат. ARO "Slow Food Presidium" сапат белгисине ээ болгонуна карабастан, анын өндүрүшү Европа Бирлигинин корголгон географиялык көрсөткүчү (PGI) жана келип чыккан жеринин корголгон белгиси (POD) сыяктуу сапат белгилери менен андан ары илгерилетилиши жана корголушу мүмкүн, анткени булар азыктарды чектөөгө салым кошо алат. коммерциялык алдамчылык жана майда чарбалардын кирешелерин жакшыртуу. Бул жерде, SSR молекулярдык маркерлер ARO популяцияларынын генетикалык вариациясын баалоо үчүн жана бул жерди башка эки түштүк италиялык кызыл пияздан жерди басмырлоо үчүн күчтүү курал катары колдонулган. Мындан тышкары, биз рыноктун суроо-талабына жараша ARO даамын баалоо үчүн курч жана эрүүчү катуу мазмунду бааладык.
натыйжалары
Acquaviva кызыл пиязынын микробдорунун коллекциясын түзүү жана морфологиялык мүнөздөмөсү
BiodiverSO Апулия Регионунун долбоорунун алкагында фермерлер тарабынан берилген ARO жеринин 13 популяциясынын уруктары ARO гермплазма коллекциясын түзүү үчүн колдонулган.
Пиязга, териге жана этке тиешелүү морфологиялык дескрипторлор ARO уруктарына жана үч пияз жердин расасына, экөө “Тропа кызыл пиязына” (TRO) жана бирөө “Монторо жез пиязына” (МКО) таандык (сүрөт) 1). Бардык ARO лампалары жалпак болгон жана кызыл сырткы тери жана кызыл түстөгү ар түрдүү эттери менен мүнөздөлгөн. Ал эми, TRO лампаларынын эти толук кызыл, ал эми MCO лампаларынын эти начар пигменттелген (таблица S1). Биохимиялык анализ катуу эрүүчү курамын жана ачуулугун баалоого мүмкүндүк берди. Таблицада билдирилгендей 1, ARO популяцияларында лампалардын катуу эрүүчү мазмунунун орточо мааниси 7.60 болду жана 6.00 (ARO12) дан 9.50 ° Brix (ARO11 жана ARO13) чейин өзгөрдү. Бул маани TRO жана MCO ландрастары үчүн эсептелгенден жогору болгон (тиешелүүлүгүнө жараша 4.25 жана 6.00° Brix).
Мазмуну 1. “Acquaviva Red Onion” (ARO), “Tropea Red Onion” (TRO) жана “Montoro Copper Onion” (MCO) популяцияларында бааланган катуу эрүүчү мазмун жана курчтук баалуулуктары *.
CODE | Эрүүчү катуу зат (Брикс) | ачуу (pмолг-1 FW) | ||
эмнени билдирет | CV y (%) | эмнени билдирет | CV y (%) | |
ARO1 | 6.25 Д* | 5.65 | 5.84 ab * | 23.78 |
ARO2 | 7.25 DC | 4.87 | из 6.51 | 22.98 |
ARO3 | 7.50 BC | 9.42 | 5.28 аб | 22.88 |
ARO4 | 7.50 BC | 0.00 | из 6.97 | 3.74 |
ARO 5 | 7.50 BC | 0.00 | из 6.80 | 9.68 |
ARO6 | 6.25 D | 5.65 | 4.51 аб | 39.18 |
ARO7 | 7.25 DC | 4.87 | 5.25 аб | 15.44 |
ARO8 | 9.00 AB | 0.00 | из 7.04 | 3.49 |
ARO9 | 8.25ABC | 4.28 | из 6.84 | 0.15 |
ARO10 | 7.00 DC | 0.00 | 5.94 аб | 6.57 |
ARO11 | 9.50 А | 7.44 | 5.54 аб | 16.43 |
ARO12 | 6.00 D | 0.00 | 4.91 аб | 9.70 |
ARO13 | 9.50 А | 7.44 | из 6.63 | 24.93 |
MCO | 6.00 D | 0.00 | 4.18 аб | 2.66 |
TRO1 | 4.25 E | 8.31 | 2.80 б | 2.10 |
TRO2 | 4.25 E | 8.31 | 4.28 аб | 4.79 |
* Бир эле тамгалар чоң же кичине тамгалар менен 0.01P же 0.05P боюнча статистикалык жактан айырмаланбайт (SNK тести). y Вариация коэффициенти.
Пирувин кислотасынын мазмуну боюнча бааланган ARO ачуунун орточо мааниси 6.00 болуп, 4.51 pmol г чейин өзгөрдү.-1 FW (ARO6) 7.04 (ARO8). Бул маани TRO жана MCO ландрастарында баалангандан жогору болгон (3.54 pmol г-1 FW жана 4.18 pmol g-1 FW, тиешелүүлүгүнө жараша).
СССР полиморфизми жана доступтар арасындагы генетикалык байланыштар
Бул изилдөөдө 11 сыналган SSR праймер айкалыштарынын 37и бир локустун полиморфизмдерин камсыз кылган, башкача айтканда, бир индивидде эң көп дегенде эки күчөтүү продуктусун берген. Жалпысынан 55 адамда 320 аллель табылган, аллельдердин саны 2ден (ACM147 жана ACM 504) 11ге чейин (ACM132) жана 5 аллельдердин орточо мааниси (таблица) 2). Жеке популяцияларда аллельдердин саны (Na) 1.94төн (ACM147 жана ACM504) 5.38ге (ACM132) чейин өзгөрдү, ал эми аллельдердин эффективдүү саны (Ne) 1.41ден (ACM152) 2.82ге (ACM449) чейин өзгөрдү. Дал келбестиктер Na жана Ne баалуулуктарынын ортосундагы популяцияларда аз жыштыктагы аллельдердин болушу жана бир нече гана аллельдердин басымдуулугу менен шартталган. Эң жогорку байкалган гетерозиготалуулуктун (Ho) мааниси ACM138 жана ACM449 (0.62) үчүн белгиленген, ал эми эң төмөнкүсү ACM152 (0.25) менен байланышкан. Панмиктикалык популяциядагы теориялык күтүүгө туура келген күтүлгөн гетерозиготалуулук (He) 0.37ден (ACM504) 0.61ге (ACM132, ACM138 жана ACM449) чейин өзгөрдү. Райттын фиксация индекси (Fis) бардык маркерлер үчүн нөлгө жакын маанилерди (орточо 0.05) көрсөттү, бул байкалган жана күтүлгөн гетерозиготалуулуктун деңгээлинин ортосундагы окшош маанилерди көрсөтөт, ошондой эле ашып кеткен түр үчүн күтүлгөндөй. Жеке SSR маркеринин генетикалык манжа изин басуудагы эффективдүүлүгү полиморфикалык маалыматтын мазмуну (PIC) индекси менен бааланган, орточо мааниси 0.48 жана 0.33 (ACM504) дан 0.67 (ACM132) чейин өзгөргөн. Башка натыйжалуулуктун индекси, Шеннондун маалымат индекси (I) 0.84 орточо маанини көрсөттү жана болжолдуу маанилер 0.45тен (ACM152) 1.20га (ACM132) чейин өзгөрдү.
Мазмуну 2. ARO, TRO жана MCO популяцияларында генетикалык ар түрдүүлүктү баалоо үчүн колдонулган 11 SSR маркерлеринин полиморфизм өзгөчөлүктөрү. Аллельдердин жалпы саны (Na), тилке өлчөмү диапазону жана полиморфтук маалымат мазмуну (PIC) индекси Бул изилдөөдө генотиптелген 320 индивиддердин жалпы топтомун караңыз. Аллельдердин саны (Na), эффективдүү аллельдердин саны (Ne), байкалган гетерозиготалуулук (Ho), күтүлгөн гетерозиготалуулук (He), фиксация индекси (F)is) жана Шеннондун маалымат индекси (I) ар бири 16 адам түзгөн 20 популяциядан эсептелген орточо баалуулуктарды билдирет.
Locus. | Жалпы На | Өлчөм диапазону (bp) | PIC | эмнени билдирет | |||||
Na | Ne | Ho | He | I | Fis | ||||
ACM91 | 4 | 189-205 | 0.40 | 2.63 | 1.72 | 0.38 | 0.39 | 0.66 | 0.04 |
ACM101 | 4 | 229-241 | 0.52 | 2.94 | 2.37 | 0.53 | 0.56 | 0.92 | 0.06 |
ACM132 | 11 | 186-248 | 0.67 | 5.38 | 2.78 | 0.55 | 0.61 | 1.20 | 0.09 |
ACM138 | 5 | 242-272 | 0.66 | 3.69 | 2.82 | 0.62 | 0.61 | 1.09 | -0.02 |
ACM147 | 2 | 264-266 | 0.37 | 1.94 | 1.83 | 0.44 | 0.44 | 0.62 | -0.01 |
ACM152 | 4 | 228-244 | 0.25 | 2.38 | 1.41 | 0.25 | 0.27 | 0.45 | 0.07 |
ACM235 | 4 | 286-298 | 0.41 | 2.81 | 1.77 | 0.44 | 0.41 | 0.72 | -0.06 |
ACM446 | 6 | 108-120 | 0.56 | 3.50 | 2.48 | 0.49 | 0.58 | 1.01 | 0.16 |
ACM449 | 8 | 120-140 | 0.66 | 4.88 | 2.82 | 0.62 | 0.61 | 1.18 | -0.03 |
ACM463 | 5 | 202-210 | 0.47 | 3.38 | 1.95 | 0.46 | 0.48 | 0.83 | 0.05 |
ACM504 | 2 | 188-192 | 0.33 | 1.94 | 1.64 | 0.30 | 0.37 | 0.54 | 0.20 |
эмнени билдирет | 5 | 0.48 | 3.22 | 2.15 | 0.46 | 0.48 | 0.84 | 0.05 |
Популяциялардын арасында ARO3, ARO6, ARO8, ARO10, TRO1 жана MCO генетикалык вариациянын жогорку деңгээлин көрсөттү (Ho > 0.5), ал эми эң төмөнкү ар түрдүүлүк ARO7 популяциясында (Хо = 0.27) байкалды (Кошумча таблица S2). Жалпысынан алганда, бардык кошулуулар көрсөтүлгөн Фis нөлгө жакын баалуулуктар (Фis орточо мааниси = 0.054), кокус жупташуу шарттарында күтүлгөндөй.
Молекулярдык дисперсияны жана генетикалык структураны анализдөө
Популяциялар арасында жана ичиндеги генетикалык вариацияны иерархиялык бөлүштүрүү AMOVA тарабынан эсептелген. Натыйжалар популяциялардагы генетикалык вариациянын олуттуу бөлүгүн (87%) баса көрсөттү. Популяциялар арасындагы вариация, 13%, өтө маанилүү болгон (P < 0.001) (таблица 3). 0.002ден (ARO2/ARO10) 0.468ге (ARO7/TRO2) чейинки Райттын Fst фиксация индексинин аналогу болгон Fpt параметринин жуп маанилери маанилүү болгон (P < 0.05), тогуз жуп салыштырууну кошпогондо (кошумча таблица S3).
Мазмуну 3. 320 популяциядан 16 генотиптин молекулярдык дисперсиясынын анализи allium cepa L.
булак | df | Скверлердин суммасы | Variance Estimation | Дисперсия (%) | Fpt | P |
Калктын арасында | 15 | 458.63 | 1.16 | 13% | ||
Популяциялардын ичинде | 304 | 2272.99 | 7.50 | 87% | 0.134 | 0.001 |
Бардыгы болуп | 319 | 2731.62 | 8.66 |
Генетикалык түзүлүштү изилдөө A. cepa Бул изилдөөдө генотиптелген чогултуу программалык камсыздоонун СТРУКТУРАСЫНДА ишке ашырылган аралашма моделине негизделген кластердик анализдин жардамы менен аткарылган. Эванно АК методу эки кластерге бөлүүнү сунуш кылган (K = 2) биздин изилдөөбүз үчүн эң маалыматтуу танышуусуна,күнүгэр мененe кийинки эң жогорку пеак ат К = 5 (кошумча Rgure S1). А үчүн К = 2, ahpopжоболор wэшекigned оnжанаf эки кластер менен а rnernbertoip коэффициенти (q) > 0.7. Катары сhown in Figure 2a, биринчи кластер (S1 деп аталган) МКО жана бардык ARO популяцияларын камтыды, ал эми S2 кластери эки TRO популяциясын топтоштурду. К = 5те, берилиштер топтомун тереңирээк сүрөттөп берүү (сүрөт 2b), 75% кошулуу беш кластердин бирине берилген. ARO (S1) жана TRO (S2) ортосундагы бөлүнүү ырасталды, бирок кээ бир ARO популяциялары аралаштырылган (q <0.7) же эки жаңы S3 жана S4 кластерлеринде өзүнчө топтоштурулган (тиешелүүлүгүнө жараша ARO7 жана ARO12). Кызыктуусу, MCO коммерциялык түрү апулиандык кызыл пияздан бөлүнгөн өзүнчө кластерди (S5) түзгөн.
Популяциялар арасындагы генетикалык байланыштар
SSR полиморфизми генетикалык көп түрдүүлүктүн дендрограммасын түзүүгө мүмкүндүк берди жана филогенетикалык анализдин натыйжалары сүрөттө көрсөтүлгөн. 3a. Бул жерде, гермплазма чогултуу күчтүү жүктөө баалуулуктары тарабынан колдоого алынган беш топко бөлүнгөн. ARO7 жана ARO12 популяциялары дароо калган популяциялардан бөлүнүп, эки өзүнчө кластер түзүштү. Үчүнчү кластерге TROнун эки коммерциялык популяциясы кирди, ошол эле учурда төртүнчү түйүн МКУну он бир ARO популяциясынан бөлдү. Популяциялар арасында пайда болгон генетикалык байланыш андан ары негизги координата анализи (PCoA) аркылуу изилденген (сүрөт 3b). Мурда белгиленгендей, PCoA участогунда обочолонгон позицияларда пайда болгон ARO12 жана ARO7ден башка ARO популяциялары тыгыз топтоштурулган. Эки TRO жана MCO популяциялары участоктун ылдыйкы оң жагында чачыранды.
Figure 3. 16 арасында генетикалык ар түрдүүлүк A. cepa алардын SSR профилинин негизинде бул изилдөөдө мүнөздөлгөн популяциялар. (a) генетикалык аралыктын UPGMA дендрограммасы. Bootstrap колдоо маанилери >50 тиешелүү түйүндөрдүн үстүндө көрсөтүлгөн; (b) негизги компоненттердин анализи (PCoA). Кызыл менен тегеректелген кластер филогенетикалык анализдин натыйжасында түзүлгөн жана 11 ARO кошулмасынан түзүлгөн топ менен толук дал келет.
талкулоо
Түштүк Италияда салттуу түрдө өстүрүлгөн чоң көлөмдөгү агро-биологиялык ар түрдүүлүктүн ичинде пияз ландрастары генетикалык эрозия коркунучунан жана заманбап сорттор менен алмаштыруу коркунучунан сакталышы керек болгон niche продуктуларын билдирет. Жергиликтүү мурастар менен тыгыз байланышта болгон Апулия чөлкөмүнүн генетикалык ресурстарын чогултууга, мүнөздөөгө, илгерилетүүгө жана коргоого багытталган BiodiverSO аймактык долбоорунун алкагында биз ARO жеринин 13 популяциясынын үрөн коллекциясын түздүк. Биз ДНК полиморфизмдери жана эки биохимиялык параметр, эрүүчү катуу жана пирожүздүү кислотанын мазмуну, даам белгилерине байланыштуу жана жаңы бышырылбаган азыктарды кабыл алуу үчүн маанилүүлүгү боюнча ARO вариациясынын биринчи баасын билдирдик. Кошумчалай кетсек, ARO ландрасасы боюнча маалыматтар ал көп учурда жаңылышкан башка эки пигменттүү пияз ландрасасында чогултулган маалыматтар менен салыштырылган.
Таттуу пияз өнөр жайынын көрсөтмөлөрүнө ылайык биохимиялык анализдер 13 ARO популяциясынын таттуулугун баса көрсөттү, алар жогорку эрүүчү катуу мазмунга жана орто ачууга байланыштуу. [31]. ARO лампалары TRO жана MCO ландрастарына караганда таттуураак болуп, бир аз жогорураак ачууну көрсөттү. Бирок, пияздын таттуулугу канттын мазмуну менен ачуунун ортосундагы тең салмактуулук менен шартталган, ошондуктан бул мүнөздөмө баалуулуктардын генотиптерин тандоону колдоо үчүн пайдалуу болушу мүмкүн, адатта фермерлер морфологиянын негизинде гана жүргүзүшөт.
SSR маркерлери Аквавива делле Фонти шаары сыяктуу тар аймакта чогултулганына карабастан, генотиптерди дискриминациялоо үчүн пайдалуу курал экени тастыкталды. Тандалган маркерлер мурда кабарлаган маркерлерге караганда аллельдердин көп санын көрсөттү [43] жана [44], бирок билдирген маркерлерден төмөн [45]. Андан тышкары, маркерлердин 50% топтомунун PIC индексинин мааниси 0.5тен жогору болуп, коллекциядагы популяцияларды дискриминациялоого ылайыктуу экендигин далилдеди. [46]. Популяциялардагы ар түрдүүлүктү баалоо Хо менен Хенин ортосундагы окшош маанилерди ачып берди, натыйжада Fi азs баалуулуктар. Бул кайчылаш мүнөзүнө ылайык келет A. cepa, инбридиндик депрессиядан олуттуу жабыркайт [47]. Жалпы Fis Бул изилдөөдө каралган пияз популяцияларында эсептелген маани (0.054) мурда билдиргенге караганда төмөн болгон. [45] (0.22) жана тапкан менен дээрлик бирдей [31] (0.08) жана [48] (0.00) тиешелүүлүгүнө жараша Испаниянын түндүк-батышынан жана Нигерден келген пияз жериндеги генетикалык ар түрдүүлүктү баалаган. ARO популяцияларындагы гетерозиготалуулуктун көңүлгө аларлык деңгээли Апулия көптөгөн бакча өсүмдүктөрүнүн түрлөрүнүн ар түрдүүлүк борбору деген түшүнүктү бекемдейт. [32, 42, 49-51].
AMOVA бул изилдөөдө генотиптелген коллекциядагы көпчүлүк молекулярдык вариация популяциялардын ичинде экенин баса белгиледи. Бирок, популяциялар арасында олуттуу генетикалык дифференциация (ФPT баалуулуктар) генетикалык стратификациянын пайда болушун аныктаган. Чынында, биздин натыйжалар жакшы аныкталган кластерди түзүү, көпчүлүк ARO популяцияларында генетикалык бирдейликтин бар экендигин көрсөтсө да, ARO7 жана ARO12 популяциялары ачык-айкын генетикалык профилди көрсөттү. Бул натыйжа популяцияларды чогулткан эки фермер колдонгон үрөндөрдүн башка келип чыгышына байланыштуу болушу мүмкүн. Мындан тышкары, алынган натыйжалардын негизинде, ARO ландрасасы генетикалык деңгээлде TRO жана MCO ландрастарынан так айырмаланат деп эсептесе болот. Акыркы изилдөөдө, [29] "Acquaviva", "Tropea" жана "Montoro" сыяктуу бир нече италиялык пияз жеринин генетикалык ар түрдүүлүгүн баалады. Жазуучулар кененирээк пияз коллекциясынын генетикалык ар түрдүүлүгүн баалоо үчүн SNP маркерлерин колдонушканына карабастан, генотиптөө "Acquaviva" "Tropea" жана "Montoro" пияздарынан айырмалай алган эмес. Мүмкүн, бул дал келбестик PIC орточо маанисинин төмөндүгүнө байланыштуу (0.292) менен түшүндүрүлөт, бул талдоочу локустардын бир аз жалпы маалыматтуулугун сунуштайт. [29]. Андан тышкары, алардын италиялык кластеринде субструктуранын бар экендигин иликтөө үчүн, италиялык генотиптерди коллекциянын калган бөлүгүнөн өзүнчө талдоо жакшы болмок. Кыязы, эмпирикалык тандоонун астында географиялык стратификацияга же белгилерге байланышкан генетикалык көп түрдүүлүктүн үлгүсүн визуализациялоого мүмкүндүк берет.
Жыйынтыктап айтканда, бул изилдөө жергиликтүү маданий мурастар менен байланышкан жана фермерлер үчүн экономикалык мааниге ээ болгон пияз жери жөнүндө кеңири отчетту билдирет. Биздин натыйжалар, бир нече башкаларды эске албаганда, ARO генетикалык эрозия коркунучунан сакталууга татыктуу болгон так аныкталган генофонд менен мүнөздөлөт. Ошондуктан, генетикалык ар түрдүүлүктүн бул баалуу булагынын өкүлчүлүгүн түзүү абдан маанилүү болду. Акыр-аягы, ARO генетикалык жана фенотиптик мүнөздөмөсү Евробиримдиктен сапат белгилерин алуу үчүн пайдалуу болушу мүмкүн.
Материалдар жана ыкмалар
Гермплазманын коллекциясы, өсүмдүк материалы жана ДНК экстракциясы
ARO жердин 13 популяциясынын топтому Апулия аймагынын долбоорунун алкагында алынган (BiodiverSO: https://www.biodiversitapuglia.it/), Италиянын Бари провинциясындагы кичинекей Апулия шаарында "Acquaviva delle Fonti" шаарында бир катар миссиялар аркылуу. Ар бир кошулмаларды чогултуу сайттары Географиялык маалымат системасы (ГИС) аркылуу картага түшүрүлүп, таблицада баяндалган 4. Кошумчалай кетсек, бул изилдөөгө ТРОнун жердик катмарынан эки популяция жана МКУдан бир популяция киргизилген жана маалымдама катары колдонулган. Бардык өсүмдүк материалы Бари университетинин “П Мартуччи” эксперименталдык чарбасында (41° 1'22.08″ N, 16°54'25.95″ E) бирдей экологиялык шарттарда өстүрүлгөн. популяцияларды жана популяциянын ичиндеги чаңдаштырууну үйлөмө чымындардын жардамы менен камсыз кылуу (Люсилия Цезарь). 16 популяция лампочканын өлчөмүнө жана формасына, терисинин жана этинин түсүнө байланыштуу өзгөчөлүктөр үчүн мүнөздөлгөн (таблица S1). Кошумчалай кетсек, катуу эрүүчү заттардын курамын анализдөө колго алып жүрүүчү рефрактометрдин жардамы менен жүргүзүлдү жана 2,4-динитрофенилгидразинди (0.125%) кошуп, пияз ширесинин үлгүлөрүндө ачуулугу өлчөнөт. v/v 2N HCl) жана 420 нм абсорбенцияны баалоо [31]. Дункандын көп диапазондук тести жана SNK тести олуттуу айырмачылыктардын бар экендигин аныктоо үчүн жүргүзүлгөн.
Мазмуну 4. Бул изилдөөдө чогултулган жана генотиптелген популяциялардын тизмеси. Ар бир популяция үчүн идентификациялык код, жергиликтүү аталыш, GPS координаты жана үрөндөрдү сактоочу ген банкы билдирилет.
коду | ысым | GPS координаттары | Ген банкы y |
ARO1 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°54’21.708″ N 16°49’1.631” E | Di.SSPA |
ARO2 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°53’14.28″ N 16°48’56.879” E | Di.SSPA |
ARO3 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°54’11.304″ N 16°49’13.079” E | Di.SSPA |
ARO4 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°54’3.348″ N 16°40’27.011” E | Di.SSPA |
ARO5 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°51’59.76″ N 16°53’0.527” E | Di.SSPA |
ARO6 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°52’48.72″ N 16°49’43.247” E | Di.SSPA |
ARO7 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°53’13.47″ N 16°50’23.783” E | Di.SSPA |
ARO8 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°53’18.816″ N 16°49’33.888” E | Di.SSPA |
ARO9 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°54"51.372″ N 16°49"3.504« E | Di.SSPA |
ARO10 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°54’1.188″ N 16°49’24.311” E | Di.SSPA |
ARO11 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°52"49.8″ N 16°49"48.575« E | Di.SSPA |
ARO12 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°52’38.892″ N 16°49’28.379” E | Di.SSPA |
ARO13 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°53’21.768″ N 16°49’29.711” E | Di.SSPA |
TRO1 | Cipolla rossa lunga di Tropea | - | Di.SSPA |
TRO2 | Cipolla rossa tonda di Tropea | - | Di.SSPA |
MCO | Cipolla ramata di Montoro | - | Di.SSPA |
y Di.SSPA, Бари университетинин топурак, өсүмдүктөр жана тамак-аш илимдери бөлүмү. |
Популяцияга 20 генотиптен турган жалбырак материалынан үлгү алынган жана колдонууга чейин -80 °C сакталган. Полисахаридге бай түрлөр үчүн, сыяктуу A. cepa, полисахаридди жок кылуунун биринчи кадамдары сапаттуу ДНКны алуу үчүн өтө зарыл, ошондуктан STE буферинде (0.25 М сахароза, 0.03 М Трис, 0.05 М EDTA) алгачкы жууп төмөнкүдөй сүрөттөлгөндөй аткарылды. [52]. Жалпы ДНК CTAB ыкмасы боюнча алынган [53] жана акырында сапаты жана концентрациясы Nano Drop 2000 UV-vis спектрофотометри (ThermoScientific, Waltham, MA, АКШ) жана 0.8% агароз гел электрофорези менен текшерилген.
ССР Союзунун анализи
тарабынан иштелип чыккан 16 EST-SSR праймер айкалыштары [54] жана мурда генетикалык ар түрдүүлүктү изилдөөдө сыналган [43] жана [44] жана 21 геномдук ССР [45-55] алардын ылайыктуулугун баалоо үчүн текшерилген (Кошумча таблица S4). Генотиптөө экономикалык флуоресценттик белгилөө ыкмасы менен жүргүзүлдү, мында M13 куйругу ар бир алдыга SSR праймерине кошулат. [56]. ПТР аралашмалары 20 гЛ реакциясында даярдалган: 50 нг жалпы ДНК, 0.2 мМ dNTP аралашмасы, 1X ПТР реакция буфери, 0.8 U DreamTaq ДНК полимераза (Thermo Scientific, Waltham, MA, АКШ), 0.16 гМ тескери праймер , M0.032 ырааттуулугу менен узартылган 13 гМ алдыга праймер (5′-TGTAAAACGACGGCCAGT-3′) жана FAM же NED флуоресценттик боёктору менен белгиленген универсалдуу M0.08 праймеринин 13 гМ (Сигма-Олдрих, Сент-Луис, MO, АКШ). ПТР реакциялары SimpliAmp (Applied Biosystems, CA, USA) термоциклдеринде аткарылган, көпчүлүк пример жуптары үчүн төмөнкү шарттарда: 94 °C 5 мүнөт, 40 цикл 94 °Cде 30 секунд, 58 °C. 45 сек жана 72 °C 45 сек жана акыркы узартуу 72 °C 5 мүнөткө. ACM446 жана ACM449 үчүн, 60 °Cдан 55 °Cге чейин 10 цикл, 30 °Cде 55 цикл, андан кийин 5 °Cде 72 мүнөткө акыркы узартуу менен тийүү ПТР колдонулду. ПТР продуктулары 96 көзөнөктүү табакка жүктөлүп, 14 гЛ Hi-Di Formamide (Life Technologies, Carlsbad, CA, USA) жана 0.5 gL GeneScan 500 ROX Size Standard (Life Technologies, Карлсбад, CA, АКШ) менен аралаштырылды. Ампликондор ABI PRISM 3100 Avant Genetic Analyzer (Life Technologies, Карлсбад, CA, АКШ) капиллярдык секвенирлөөчү машинанын жардамы менен чечилген, мында аллельдер ко-доминант катары бааланган жана GeneMapper Software Version 3.7 аркылуу дайындалган.
Программалык камсыздоо GenAlEx 6.5 [57] жана Cervus 3.0.7 [58] аллельдердин санын (Na), эффективдүү аллельдердин санын (Ne), байкалган гетерозиготалуулукту (Ho), күтүлгөн гетерозиготалуулукту (He), полиморфтук маалыматтын мазмунун (PIC), Шеннондун маалымат индексин (I) жана фиксация индексин (Fis) баалоо үчүн колдонулган. ) ар бир ССР локусу боюнча.
Генетикалык ар түрдүүлүктү баалоо
Пияз популяцияларынын арасында жана ичиндеги генетикалык вариацияны иерархиялык бөлүштүрүү GenAlEx 6.5 тарабынан бааланган [57] маанилүүлүгүн текшерүү үчүн 999 жүктөө менен молекулярдык дисперсияны (AMOVA) талдоо аркылуу. Мындан тышкары, GenAlEx 6.5 программасы бардык SSR локустары боюнча Ho, He жана Fis орточо эсептөө менен ар бир калктын ичиндеги ар түрдүүлүктү баалоо үчүн колдонулган.
Калктын структурасы STRUCTURE v.2.3.4 программалык камсыздоосунда ишке ашырылган Байес моделине негизделген кластерлөө алгоритми тарабынан чыгарылган [59]. Берилиштер топтому 1ден 10го чейинки бир катар гипотетикалык кластерлер (K) менен иштетилди, ар бир K маанисине он көз карандысыз чуркоо орнотулду. Ар бир чуркоо үчүн, натыйжалардын ырааттуулугун текшерүү максатында, 100,000 баштапкы күйүү мезгили жана 100,000 Марков чынжыр Монте-Карло (MCMC) итерациялары аралашма модели жана популяциялар арасында көз карандысыз аллель жыштыгы астында аткарылды. Эң ыктымалдуу K мааниси сүрөттөлгөн АК ыкмасын ишке ашыруу менен аныкталган [60], веб-программада СУРУЛУШ ЖЫЙНООЧУ [61]. Жеке популяция белгилүү бир кластерге анын мүчөлүк коэффиценти (q-маани) 0.7ден жогору болгон учурда дайындалган, антпесе ал аралаш тектүү деп эсептелген.
Нейдин генетикалык аралык матрицасы (кошумча таблица S5) тарабынан ачылган кошулмалардын ортосундагы генетикалык байланыштын үлгүлөрүн көрүү үчүн негизги координаттык талдоо жүргүзүлдү. Аллель жыштыктарынын негизинде, POPTREEW программалык камсыздоосунда арифметикалык орточо көрсөткүчтөр (UPGMA) кластердик анализи менен таразаланбаган жуп тобу ыкмасын ишке ашыруу менен генетикалык аралыктын дендрограммасы түзүлдү. [62]. Иерархиялык кластердик ишенимди баалоо үчүн жүктөөчү колдонулуп, маалымат топтомунун 100 үлгүсүн орнотуу. Акыр-аягы, MEGA X программалык камсыздоо [63] дарак чийүү программасы катары колдонулган.
Кошумча материалдар: Төмөнкүлөр онлайн режиминде жеткиликтүү http://www.mdpi.com/2223-7747/9/2/260/s1. Таблица S1: ARO, MCO жана TRO лампаларынын морфологиялык мүнөздөмөсү. Таблица S2: Гетерозиготалуулук жана фиксация индекстери ARO ландрасалары жана TRO жана MCO ландрастары үчүн эсептелген. Таблица S3: Fpt параметринин жуп маанилери. Таблица S4: Изилдөөдө колдонулган SSRs тизмеси. Таблица S5. Ней генетикалык аралыктын жуптуу популяциялык матрицасы. Сүрөт S1: Эваннонун Delta K менен өзгөргөн К маанилеринин сызык диаграммасы.
Author салымдар: CL жана LR изилдөөнү ойлоп табышты жана экспериментти иштеп чыгышты; CL жана PI молекулярдык маркер анализин жүргүзүштү; ARM жана VZ талаа сыноолорун аткарды; RM, SP, GR жана CL маалыматтарды талдоого тартылган; RM жана CL кол жазманы жазган. Бардык авторлор кол жазманын жарыяланган вариантын окуп чыгышкан жана макул болушкан.
Каржылоо: Бул иш «Апулия өсүмдүктөрүнүн түрлөрүнүн биоартүрдүүлүгү» аймактык Апулиялык долбоору тарабынан каржыланган — Programma di Sviluppo Rurale per la Puglia 2014-2020. Мисура 10 — Соттомисура 10.2; грант CUP H92C15000270002, Италия.
Ыраазычылык: Ыраазычылык "Azienda Agricola Iannone Anna" жана "Associazione produttori della vera cipolla rossa di Acquaviva" тарабынан экспериментте колдонулган өсүмдүк материалдарын камсыздаганы үчүн.
Кызыктуу боло турган чыр-чатактар: Жазуучулар кызыкчылыктардын эч кандай чыр-жар.
шилтемелер
- 1. Стерн, ВТ Аллиумдун канча түрү белгилүү? Kew Mag. 1992, 9,180-182. [CrossRef]
- 2. FAOSTAT. ФАОнун статистикалык базасы. Интернетте жеткиликтүү: http://www.fao.org/2017 (8-жылдын 2019-январында жеткиликтүү).
- 3. Блок, E. Сарымсак менен пияздын химиясы. Sci. Am. 1985, 252,114-119. [CrossRef]
- 4. Ли, Б.; Юнг, JH; Ким, HS келемиштердин антиоксиданттык активдүүлүгү боюнча кызыл пиязды баалоо. Food Chem. Токсикол. 2012, 50, 3912-3919. [CrossRef]
- 5. Ли, СМ; Мун Ж.; Чунг, JH; Ча, ЮЙ; Шин, MJ Кверцетинге бай пияздын кабыгынын экстракттарынын келемиштердеги артерия тромбозуна тийгизген таасири. Food Chem. Токсикол. 2013, 57, 99-105. [CrossRef] [PubMed]
- 6. Йошинари, О.; Шиодзима, Ю.; Igarashi, K. Зукер диабетик майлуу келемиштерде пияздын экстрактысынын семирүүгө каршы таасири. Nutrients 2012, 4,1518-1526. [CrossRef]
- 7. Акаш, МШ; Рехман К.; Chen, S. Spice өсүмдүк Allium cepa: 2 типтеги кант диабетин дарылоо үчүн диеталык кошумча. азыктануу 2014, 30,1128-1137. [CrossRef] [PubMed]
- 8. Ван Ю.; Tian, WX; Ма, XF пияздын бөгөт коюучу таасирлери (Allium cepa L.) май кислотасынын синтазасын ингибирлөө аркылуу рак клеткаларынын жана адипоциттердин пролиферациясына экстракты. Азия Пак. J. Рак Prev. 2012,13, 5573-5579. [CrossRef] [PubMed]
- 9. Lai, WW; Хусу, СК; Чуе, ФС; Чен, YY; Янг, JS; Лин, JP; Лиен, JC; Цай, Ч. Чунг, JG Quercetin NF-kappaB жана матрицалык metalloproteinase-2 / -9 сигнал жолдорун бөгөт коюу аркылуу SAS адамдын оозеки рак клеткаларынын көчүп жана басып бөгөт коюу. Anticancer Res. 2013, 33,1941-1950. [PubMed]
- 10. Никастро, HL; Росс, SA; Milner, JA Сарымсак жана пияз: Алардын рак алдын алуу касиеттери. Рак Prev. Res. 2015, 8,181-189. [CrossRef]
- 11. Форте, Л.; Торричелли П.; Боанини Э.; Газзано, М.; Рубини К.; Фини, М.; Bigi, A. Quercetin-functionalized hydroxyapatite антиоксидант жана сөөк оңдоо касиеттери: An in vitro osteoblast-osteoclast-эндотелий клеткасынын биргелешип маданият изилдөө. Acta Biomater. 2016, 32, 298-308. [CrossRef]
- 12. Ямазаки, Ю.; Ивасаки К.; Миками, М.; Yagihashi, A. Жети Allium жашылчаларында он бир даам прекурсорлорунун, S-Alk (en)yl-L-cysteine туундуларынын бөлүштүрүлүшү. Food Sci. Technol. Res. 2011, 17, 55-62. [CrossRef]
- 13. Блок, E. Allium тукумунун күкүрт органикалык химиясы — күкүрттүн органикалык химиясына тийгизген таасири. Ангев. Хим. Int. Эд. Engl. 1992, 31,1135-1178. [CrossRef]
- 14. Гриффитс, Г.; Труман, Л.; Кроутер, Т.; Томас, Б.; Smith, B. Пияз-Ден соолук үчүн глобалдык пайда. Фитотер. Res. 2002,16, 603-615. [CrossRef]
- 15. Швиммер, С.; Вестон, В.Д.Ж. Пияздагы пирожүздүү кислотанын энзимдик өнүгүүсү ачуулуктун өлчөмү катары. J. Agric. Food Chem. 1961, 9, 301-304. [CrossRef]
- 16. Кеттер, CAT; Рандл, В.М. Пунгенциянын пияздагы баасы. In Лабораториялык окутуу үчүн сыноодон өткөн изилдөөлөр; Карчер, СДж., Ред.; Биология лабораториялык билим берүү ассоциациясы (ABLE): New York, NY, USA, 1998; 19-том, 177-196-беттер.
- 17. Hanelt, P Таксономия, эволюция жана тарых. In Пияз жана союздук өсүмдүктөр, Т. I. Ботаника, физиология жана генетика; Rabinowitch, HD, Brewster, JL, Eds.; CRC Press: Бока Ратон, Флорида, АКШ, 1990; 1-26-бб.
- 18. Рабинович, HD; Курра, Л. Allium Crop Science: Акыркы жетишкендиктер; CABI Publishing: Уоллингфорд, Улуу Британия, 2002.
- 19. Маллор, С.; Карраведо, М.; Эстопанан Г.; Маллор, Ф. Пияздын генетикалык ресурстарынын мүнөздөмөсү (Allium cepa Л.) Испаниянын ар түрдүүлүк борборунан. Span. J. Agric. Res. 2011, 9,144-155. [CrossRef]
- 20. Фериоли Ф.; D'Antuono, LF Италиядан жана Украинадан жергиликтүү пияз жана шалот уруктарындагы фенолдук заттарды жана цистеин сульфоксиддерин баалоо. Genet. Ресур. Crop Evol. 2016, 63, 601-614. [CrossRef]
- 21. Петропулос, SA; Фернандес, А.; Баррос Л.; Феррейра, ICFR; Ntatsi, G. "vatikiotiko" морфологиялык, тамактануу жана химиялык сүрөттөлүшү, Грециядан келген пияз жергиликтүү жер. Food Chem. 2015,182,156-163. [CrossRef]
- 22. Лигуори, Л.; Адилетта Г.; Наззаро, Ф.; Фратианни Ф.; Ди Маттео, М.; Albanese, D. Биохимиялык, антиоксиданттык касиеттери жана Жер Ортолук деңизинин ар түрдүү пияз сортторунун микробго каршы активдүүлүгү. J. Food Meas. Мүнөз. 2019,13,1232-1241. [CrossRef]
- 23. Ю, К.С.; Пайк, Л.; Кросби К.; Джонс Р.; Leskovar, D. Сорттор, өсүү чөйрөсү жана лампалардын өлчөмдөрүнө байланыштуу пияздын ачуулугундагы айырмачылыктар. Sci. Hortic. 2006,110,144-149. [CrossRef]
- 24. Беэск, Н.; Пернер Х.; Шварц Д.; Джордж Э.; Kroh, LW; Rohn, S. бөлүштүрүү quercetin-3, 4′-O-diglucoside, quercetin-4′-O-monoglucoside, жана quercetin пияз лампочканын ар кандай бөлүктөрүндө (Allium cepa L.) генотип таасир эткен. Food Chem. 2010,122, 566-571. [CrossRef]
- 25. Карузо, Г.; Конти С.; Виллари Г.; Боррелли, С.; Мельхионна Г.; Минутоло, М.; Руссо, Г.; Amalfitano, C. Трансплантациялоо убактысынын жана өсүмдүк тыгыздыгынын түшүмдүүлүккө, сапатка жана пияздын антиоксиданттык мазмунуна тийгизген таасири (Allium cepa Л.) Италиянын түштүгүндө. Sci. Hortic. 2014,166,111-120. [CrossRef]
- 26. Перес-Грегорио, MR; Регейро Ж.; Симал-Гандара Дж.; Родригес, AS; Almeida, DPF Антиоксидант флавоноиддердин булагы катары пияздын кошумча баасын жогорулатуу: Критикалык сереп. Crit. Rev. Food Sci. Nutr. 2014, 54,1050-1062. [CrossRef] [PubMed]
- 27. Похнл, Т.; Швейггерт, RM; Карл, Р. Пиязда эрүүчү углеводдор жана курч принциптерге өстүрүүнүн жана сорт тандоонун таасири (Allium cepa Л.). J. Agric. Food Chem. 2018, 66,12827-12835. [CrossRef] [PubMed]
- 28. Тедеско, И.; Карбон, В.; Спагнуоло, К.; Минаси, П.; Руссо, GL. Идентификация жана сандык флавоноиддердин эки түштүк италиялык сортунан. allium cepa L., Tropea (кызыл пияз) жана Montoro (жез пияз) жана алардын адамдын эритроциттерин кычкылдануу стрессинен коргоо жөндөмдүүлүгү. J. Agric. Food Chem. 2015, 63, 5229-5238. [CrossRef]
- 29. Вильяно, К.; Эспозито С.; Каруччи, Ф.; Фрускианте Л.; Карпуто Д.; Aversano, R. Пияздын жогорку өндүрүмдүүлүгүн генотиптөө генетикалык ар түрдүүлүктүн структурасын жана молекулярдык асылдандыруу үчүн пайдалуу маалыматтык SNPлерди ачып берет. Мол. Порода. 2019, 39, 5. [CrossRef]
- 30. Меркати, Ф.; Лонго, С.; Пома, Д.; Аранити Ф.; Люпини А.; Маммано, ММ; Fiore, MC; Абенаволи, MR; Sunseri, F Италиялык узак мөөнөттүү помидордун генетикалык вариациясы (Solanum lycopersicum Л.) ССС жана морфологиялык жемиш белгилерин колдонуу менен чогултуу. Genet. Ресур. Crop Evol. 2014, 62, 721-732. [CrossRef]
- 31. Гонсалес-Перес, С.; Маллор, С.; Гарсес-Клавер, А.; Мерино, Ф.; Табоада, А.; Ривера А.; Помар Ф.; Перович, Д.; Silvar, C. Пияздын коллекциясында генетикалык көп түрдүүлүктү жана сапатты изилдөө (Allium cepa Л.) Испаниянын түндүк-батышындагы ландрастар. Генетика 2015, 47, 885-900. [CrossRef]
- 32. Лотти, Ч.; Иовьено П.; Центомани, И.; Marcotrigiano, AR; Фанелли В.; Мимиола Г.; Суммо, С.; Паван, С.; Ricciardi, L. Каленин генетикалык, биоагрономиялык жана азыктык мүнөздөмөсү (brassica oleracea L. var. ацефала) Түштүк Италиядагы Апулиядагы ар түрдүүлүк. ар түрдүүлүк 2018,10, 25. [CrossRef]
- 33. Бардаро Н.; Marcotrigiano, AR; Бракуто, В.; Мацзео, Р.; Рикарди Ф.; Лотти, С.; Паван, С.; Рикарди, Л. каршылыктын генетикалык анализи Orobanche crenata (Форск.) буурчакта (Pisum sativum L.) аз стриголактондук линия. J. Plant Pathol. 2016, 98, 671-675.
- 34. Вако, Т.; Цуказаки Х.; Ягучи, С.; Ямашита К.; Ито, С.; Шигё, М. Пиязды боолоодо убакыттын сандык локустарынын картасы (Allium fistulosum Л.). Euphytica 2016, 209, 537-546. [CrossRef]
- 35. Дакка, Н.; Мухопадхяй, А.; Паритош, К.; Гупта В.; Пентал Д.; Прадхан, АК гендик ССРлерди аныктоо жана СССР-де байланыш картасын куруу Brassica juncea. Euphytica 2017, 213, 15. [CrossRef]
- 36. Анандхан, С.; Моте, SR; Гопал, J. SSR маркерлерин колдонуу менен пияздын сорттуулугун баалоо. Seed Sci. Technol. 2014, 42, 279-285. [CrossRef]
- 37. Митрова, К.; Свобода, П.; Овесна, Дж. Чехиядан пияз сортторун дифференциациялоо үчүн маркер топтомун тандоо жана валидациялоо. Чех Ж. Генет. Өсүмдүк тукуму. 2015, 51, 62-67. [CrossRef]
- 38. Ди Риенцо, В.; Миацци, ММ; Фанелли В.; Сабетта В.; Montemurro, C. Apulian зайтун уруктарынын биологиялык ар түрдүүлүктүн сакталышы жана мүнөздөмөсү. Acta Hortic. 2018,1199,1-6. [CrossRef]
- 39. Маллор, С.; Арнедо-Андрес, А.; Garces-Claver, A. испан генетикалык ар түрдүүлүгүн баалоо allium cepa микроспутниктик маркерлерди колдонуу менен пияз өстүрүү үчүн ландрасс. Sci. Hortic. 2014,170,24-31. [CrossRef]
- 40. Ривера, А.; Маллор, С.; Гарсес-Клавер, А.; Гарсиа-Уллоа, А. Помар Ф.; Silvar, C. Пияздын генетикалык көп түрдүүлүгүн баалоо (allium cepa L.) Испаниянын түндүк-батышындагы жер расалары жана европалык өзгөргүчтүк менен салыштыруу. NZJ Crop Hortic. 2016, 44,103-120. [CrossRef]
- 41. Де Джованни, Ч.; Паван, С.; Таранто Ф.; Ди Риенцо В.; Миацци, ММ; Marcotrigiano, AR; Мангини Г.; Монтемурро, К.; Рикарди Л.; Lotti, C. Нокоттун глобалдык гермплазма коллекциясынын генетикалык вариациясы (Cicer arietinum Л.) анын ичинде генетикалык эрозия коркунучу бар италиялык кошулмалар. Physiol. Мол. Биол. Өсүмдүктөр 2017, 23,197-205. [CrossRef]
- 42. Мацзео, Р.; Моргез, А.; Соннанте Г.; Зулуага, DL; Паван, С.; Рикарди Л.; Lotti, C. Брокколи рабесинде генетикалык көп түрдүүлүк (Brassica rapa L. subsp. sylvestris (Л.) Янч.) Түштүк Италиядан. Sci. Hortic. 2019, 253,140-146. [CrossRef]
- 43. Жаксе, М.; Мартин В.; МакКаллум Дж.; Хейви, M. Бир нуклеотиддик полиморфизмдер, инделдер жана пияз сортторун идентификациялоо үчүн жөнөкөй ырааттуулук. J. Am. Соц. Hortic. Sci. 2005,130, 912-917. [CrossRef]
- 44. МакКаллум, Дж.; Томсон, С.; Питер-Жойс, М.; Kenel, F. Генетикалык көп түрдүүлүктүн анализи жана бир нуклеотиддик полиморфизм маркеринин өстүрүлгөн пияздын ырааттуулугу теги-жөнөкөй ырааттуулуктун кайталануучу маркерлерине негизделген өнүгүшү. J. Am. Соц. Hortic. Sci. 2008,133, 810-818. [CrossRef]
- 45. Болдуин С.; Питер-Жойс, М.; Райт, К.; Чен Л.; МакКаллум, Дж. Пияздын ичинде жана арасында генетикалык ар түрдүүлүктү баалоо үчүн күчтүү геномдук жөнөкөй ырааттуулуктун кайталануучу маркерлерин иштеп чыгуу (Allium cepa L.) популяциялар. Мол. Порода. 2012, 30,1401-1411. [CrossRef]
- 46. ДеВуди, Ж.А.; Honeycutt, RL; Skow, LC Microsatellite маркерлер ак куйруктуу бугулар. Дж. Геред. 1995, 86, 317-319. [CrossRef] [PubMed]
- 47. Ходадади, М.; Хасанпанах, ирандык пияз Д (Allium cepa L.) сорттордун инбридингдик депрессияга реакциясы. World Appl. Sci. Ж. 2010,11, 426-428.
- 48. Абду, Р.; Бакасо Ю.; Сааду, М.; Баудоин, JP; Hardy, OJ Нигер пиязынын генетикалык ар түрдүүлүгү (Allium cepa Л.) жөнөкөй ырааттуулуктун кайталануучу маркерлери (SSR) менен бааланат. Acta Hortic. 2016,1143, 77-90. [CrossRef]
- 49. Паван, С.; Лотти, С.; Marcotrigiano, AR; Мацзео, Р.; Бардаро Н.; Бракуто, В.; Рикарди Ф.; Таранто Ф.; Д'Агостино, Н.; Шиавулли, А.; жана башкалар. Геном боюнча маркерди ачуу жана генотиптөө аркылуу аныкталгандай, өстүрүлгөн нокотто өзгөчө генетикалык кластер. Өсүмдүк геному 2017, 2017,10. [CrossRef]
- 50. Паван, С.; Marcotrigiano, AR; Циани Э.; Мацзео, Р.; Зонно В.; Руггиери В.; Лотти, С.; Ricciardi, L. Коондун генотиптерин секвенирлөө (Cucumis melo L.) ар түрдүүлүктүн экинчилик борборунан алынган гермплазмаларды чогултуу генетикалык вариациянын үлгүлөрүн жана ар кандай генофонддордун геномдук өзгөчөлүктөрүн баса көрсөтөт. BMC Genom. 2017, 18, 59. [CrossRef]
- 51. Ди Риенцо, В.; Сион, С.; Таранто Ф.; Д'Агостино, Н.; Монтемурро, К.; Фанелли В.; Сабетта В.; Бушеффа С.; Таменджари, А.; Паскальоне, А.; жана башкалар. Жер Ортолук деңизинин бассейниндеги зайтун популяциясынын генетикалык агымы. Курдаш Ж. 2018, 6. [CrossRef]
- 52. Чабан, ЛД; McLay, TG ДНКны полисахаридге бай өсүмдүк кыртышынан бөлүп алуу үчүн эки микро масштабдуу протоколдор. J. Plant Res. 2011,124, 311-314. [CrossRef]
- 53. Дойл, Дж. Дойл, JL Өсүмдүк ДНКсынын жаңы кыртыштан изоляциясы. Focus 1990,12,13-14.
- 54. Кул, ЖК; Чеунг Ф.; Цяопин Ю.; Мартин В.; Зевди Ю.; МакКаллум Дж.; Катанах, А.; Рутерфорд, П.; Раковина, KC; Жендерек, М.; жана башкалар. 11,008 XNUMX пияздын ырааттуулугунун уникалдуу топтому спаржалар менен поалелердин монокоттук заказдарынын ортосундагы ырааттуулукту жана геномдук айырмачылыктарды ачып берет. Өсүмдүк клеткасы 2004,16, 114-125. [CrossRef]
- 55. Ким, ХДж; Ли, HR; Хён, Джи; Song, KH; Ким, KH; Ким Ж.Е; Хур, CG; Harn, SSR Finder аркылуу пияздын генетикалык тазалыгын текшерүү үчүн CH Маркерди иштеп чыгуу. Кореялык J. Breed. Sci. 2012, 44, 421-432. [CrossRef]
- 56. Шуелке, М. ПТР фрагменттерин флуоресценттик белгилөөнүн экономикалык ыкмасы. Нат. Биотехнология. 2000, 18, 233-234. [CrossRef] [PubMed]
- 57. Пиколл, Р.; Smouse, PE GenAlEx 6.5: Excelдеги генетикалык анализ. Окутуу жана изилдөө үчүн популяциялык генетикалык программалык камсыздоо: Жаңыртуу. Биомаалымат 2012, 28, 2537-2539. [CrossRef] [PubMed]
- 58. Калиновский, С.Т.; Тапер, ML; Маршалл, TC CERVUS компьютердик программасы генотиптөө катасын кантип кабыл алаарын кайра карап чыгуу аталыкты аныктоодогу ийгиликти жогорулатат. Мол. Экол. 2007,16,1099-1106. [CrossRef]
- 59. Притчард, Дж.К.; Стивенс, М.; Розенберг, НА; Доннелли, P. Ассоциацияланган популяцияларда карта түзүү. Ам. J. Hum. Genet. 2000, 67, 170-181. [CrossRef]
- 60. Эванно, Г.; Регнаут С.; Goudet, J. Программалык камсыздоону колдонуу менен инсандардын кластерлеринин санын аныктоо СТРУКТУРАСЫ: симуляциялык изилдөө. Мол. Экол. 2005,14, 2611-2620. [CrossRef]
- 61. Эрл, Д.; VonHoldt, B. STRUCTURE HARVESTER: СТРУКТУРАНЫ визуализациялоо жана Эванно ыкмасын ишке ашыруу үчүн веб-сайт жана программа. Консерв. Genet. Ресур. 2011, 4. [CrossRef]
- 62. Такезаки, Н.; Ней, М.; Tamura, K. POPTREEW: POPTREE веб-версиясы аллель жыштык маалыматтарынан популяциялык дарактарды куруу жана кээ бир башка чоңдуктарды эсептөө үчүн. Мол. Биол. Evol. 2014, 31, 1622-1624. [CrossRef]
- 63. Кумар, С.; Штечер, Г.; Ли, М.; Князь, Ц.; Тамура, K. MEGA X. Эсептөө платформаларында молекулярдык эволюциялык генетикалык анализ. Мол. Биол. Evol. 2018, 35,1547-1549. [CrossRef]